Nació el 1 de noviembre de 1822 en Wojutyn, Polonia (hoy Ucrania), de la noble familia de Gerard y Eva Wendorff, escritora. Fue el séptimo de once hijos. De sus padres aprendió el amor a Dios, el sacrificio por la patria y el respeto por el hombre. Estos valores fueron su fuerza cuando en 1833 perdió a su padre y en 1838 su madre fue deportada a Siberia a causa de su actividad patriótica en favor de los campesinos, y cuando el Gobierno zarista confiscó el patrimonio de la familia.

Cursó matemáticas en la universidad imperial de Moscú y en 1847 se trasladó a París, donde recibió formación humanística en la Sorbona y en el Colegio de Francia. Allí se mantuvo en contacto con los emigrantes polacos. Testimonio de su patriotismo es su participación en la insurrección de Poznan en 1848.

En 1851 volvió a su patria e ingresó en el seminario diocesano de Zytomierz. Prosiguió sus estudios en la Academia eclesiástica católica de San Petersburgo (Rusia). Ordenado sacerdote en septiembre de 1855, inició su ministerio ayudando a los padres dominicos en la parroquia de Santa Catalina, en esa ciudad (1855-1857); luego como director espiritual de los alumnos de la Academia eclesiástica y, por último, como profesor de filosofía. En 1856 fundó en San Petersburgo el «Refugio para los pobres» y en 1857 la congregación religiosa de las Franciscanas de la Familia de María.

El 6 de enero de 1862, el Papa Pío IX lo nombró arzobispo de Varsovia. Fue consagrado el 26 de enero en la iglesia de San Juan de Jerusalén, de San Petersburgo. Inmediatamente emprendió el viaje hacia su archidiócesis, donde estaba vigente el estado de asedio impuesto por las autoridades rusas del zar. Todas las iglesias estaban cerradas por orden de los obispos en protesta por las sangrientas represalias del ejército ruso. El 13 de febrero de 1862 reconsagró la catedral, profanada por las tropas rusas, y al día siguiente abrió todas las iglesias de la capital.

Sólo pudo gobernar su archidiócesis durante dieciséis meses —desde el 9 de febrero de 1862 hasta el 14 de junio de 1863—, en un clima de desconfianza por parte de diversos sectores de la sociedad e incluso del clero. Lleno de espíritu apostólico, realizó una amplia actividad encaminada a fomentar la renovación religiosa y moral de la nación y, al mismo tiempo, a suprimir sistemáticamente la injerencia gubernamental en los asuntos internos de la Iglesia. Hizo visitas pastorales a las parroquias y a las instituciones de caridad. Para dar impulso a los estudios teológicos reformó los programas de la Academia eclesiástica de Varsovia y de los seminarios diocesanos. Incrementó el nivel espiritual e intelectual del clero. Estimuló a los párrocos a anunciar la Palabra de Dios, a dar catequesis, a fundar escuelas de enseñanza primaria y a promover la sana vida moral del pueblo.

Propagó el culto al Santísimo Sacramento y a la Madre de Dios. Se interesó mucho por los pobres de la capital y especialmente por los niños abandonados, para los que fundó una guardería, que encomendó a las religiosas Franciscanas de la Familia de María, llamándolas de San Petersburgo.
Después de la insurrección de enero de 1863 contra las crueles represalias del Gobierno ruso, escribió al zar Alejandro ii, solicitándole que pusiera fin al derramamiento de sangre. Más tarde denunció contra la ejecución en la horca del capuchino Agrypin Konarski (12 de junio de 1863), capellán de los insurgentes. Por sus enérgicas intervenciones en contra de la actuación de las autoridades rusas, fue deportado el 14 de junio de 1863 a Jaroslavl, a orillas del Volga, en el centro de Rusia, donde pasó veinte años entre grandes penurias. Allí se interesó por los católicos, especialmente por los sacerdotes deportados a Siberia, llevando a cabo diversas obras de misericordia. Recaudó fondos para la construcción de una iglesia católica en Jaroslavl.

Gracias a las negociaciones entre la Santa Sede y Rusia, fue liberado en 1883, pero no pudo regresar a su archidiócesis de Varsovia. El Papa León XIII le dio la sede titular de Tarso.

Los últimos doce años de su vida los pasó en semidestierro en Dzwiniczka (diócesis de Leópolis), bajo el dominio austríaco. También en ese lugar trabajó incansablemente por el bien espiritual de los campesinos polacos y ucranianos. Promovió su instrucción, erigiendo la primera escuela del país; fundó un orfanato para niños; construyó una iglesia y el convento para las religiosas Franciscanas de la Familia de María.

Murió el 17 de septiembre de 1895, con fama de santidad, en la ciudad de Cracovia. Desde abril de 1921, sus restos mortales descansan en la iglesia catedral de Varsovia. Dejó como herencia «un hábito, un breviario y mucho amor entre la gente».

Fue beatificado por el siervo de Dios Juan Pablo II el 18 de agosto de 2002 en Cracovia.