Nació en 1542 en la provincia de Ávila (España). Tras la muerte de su padre, la familia debe emigrar a Medina del Campo. Entra en el Colegio de la Doctrina, siendo acólito de las Agustinas de la Magdalena, donde le conoció don Alonso Álvarez de Toledo quien lo colocó en el hospital de la Concepción y le costea los estudios para sacerdote. Los jesuitas fundan en 1551 su colegio y allí estudió Humanidades.
En 1567 lo ordenaron sacerdote. Entonces tiene lugar el encuentro fortuito con la madre Teresa en las casas de Blas Medina. Inicia su vida de carmelita descalzo en Duruelo y ahora cambia de nombre, adoptando el de Juan de la Cruz. Pasa año y medio de austeridad, alegría, oración y silencio en casa pobre entre las encinas. Luego, la expansión es inevitable; reclaman su presencia en Mancera, Pastrana y el colegio de estudios de Alcalá; ha comenzado la siembra del espíritu carmelitano.
La monja Teresa quiere y busca confesores doctos para sus monjas; ahora dispone de confesores descalzos que entienden -porque lo viven- el mismo espíritu. Por cinco años es Juan el confesor del convento de la Encarnación de Ávila. La confianza que la reformadora tiene en el reformador -aunque posiblemente no llegó a conocer toda la hondura de su alma- se verá de manifiesto en las expresiones que emplea para referirse a él; le llamará «senequita» para referirse a su ciencia, «santico de fray Juan» al hablar de su santidad, previendo que «sus huesecicos harán milagros». Morirá en 1591.
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