El precedente del Tratado de Tordesillas, fue el Tratado de Alcaçovas, firmado en 1479 entre las coronas castellana y portuguesa. En dicho tratado no sólo se ponía fin a la guerra de sucesión provocada tras la muerte del rey Enrique IV por el trono castellano entre Isabel La Católica y Juana la beltraneja, sino que además se repartían los derechos de navegación y conquista del Océano Atlántico. Según este tratado, el reino de Castilla, así como las Islas Canarias, serían para Isabel y Fernando, mientras que Madeira, Porto Santo, las Azores y las Islas de Cabo Verde, así como el derecho de conquista del reino de Fez y el derecho de navegación al sur del paralelo de las Canarias, serían para Portugal.

Múltiples incidentes ponen continuamente en peligro la paz conseguida en Alcaçobas. Los problemas se intensifican cuando Juan II de Portugal, tras recibir a Cristóbal Colón en Valparaíso, en 1493, al regreso victorioso de su primer viaje, le advierte que si las tierras que acababa de descubrir se hallaban al sur del paralelo de las Canarias, pertenecían, según lo estipulado en el Tratado de Alcaçobas, a Portugal.

El conflicto había estallado entre ambas potencias. Los portugueses pretenden que el paralelo de las Canarias sirva de límite a las conquistas de ambos reinos. Los Reyes Católicos rechazan esta pretensión y tratan de conseguir que Juan II se quede con África y deje para los castellanos las nuevas tierras descubiertas. Este intento por parte de los Reyes castellanos, se concreta en la promulgación por el Papa Alejandro VI de tres bulas en 1493: la «I Inter Caeteras» se establece que todas las tierras descubiertas por Colón y las que posteriormente se descubran serán para Castilla; en la «II Inter Caeteras» se modifica el sentido de la primera y se fija una línea a 100 leguas al oeste de las Azores y Cabo Verde que define el dominio marítimo y terrestre de Castilla; en la tercera bula, «Eximiae devotiones» no se menciona para nada la segunda y se ratifica lo señalado en la primera, ampliando los dominios asignados a los castellanos. 

La firmeza de Juan II al rechazar estas soluciones, así como el deseo sincero de ambos reinos de no reiniciar una nueva guerra, unida a la incertidumbre de los Reyes Católicos ante los secretos del Océano y la amenaza de Carlos VIII de Francia contra el Papa, motivaron una larga serie de contactos y negociaciones que se materializaron en 1494 en Tordesillas.