Franz Jägerstätter nació el 20 de mayo de 1907 en la aldea de St. Radegung, Austria, a pocos kilómetros de la frontera con Baviera. Durante su adolescencia y su juventud se distinguió por su alegría y vitalidad. A pesar de las tentaciones propias de su edad, permaneció siempre firmemente arraigado en los principios de la fe. Rezaba todos los días y recibía con frecuencia los sacramentos.
En 1931 su padre, propietario de una granja, enfermó gravemente, y Franz se vio obligado a ocuparse de ella para mantener a la familia. En 1936 contrajo matrimonio con Franziska Schwaniger. Tuvieron tres hijas: Rosalía, María y Luisa. Los esposos eran católicos practicantes, profundamente devotos y recibían diariamente la sagrada Comunión.
Llamado a cumplir el servicio militar en 1943, en pleno conflicto mundial, declaró que como cristiano no podía servir a la ideología nazi y combatir una guerra injusta. Su vida y su elección reflejaban su radicalismo evangélico, que no admitía réplicas, sino que provocaba e interpelaba. El padre José Karobath, su párroco, tras una conversación con él pocos días antes de que lo reclutaran, escribió: «Me ha dejado sin palabras, porque tenía las argumentaciones mejores. Queríamos que desistiera, pero se imponía siempre citando las Escrituras». En el siervo de Dios se reflejaba su serenidad sufrida y su adhesión al significado pleno del mensaje evangélico: en él la coherencia era una señal distintiva, no por prejuicios ideológicos o por un pacifismo abstracto, sino porque manifestaba con sencillez y firmeza su fidelidad a los valores en los que creía.
Ante el terror nazi, ante la oscuridad de las conciencias y el consiguiente olvido de Dios, Franz elevó su voz sin alardes, pero con gran valor, para defender a la Iglesia de la furia anticlerical y para anunciar con su ejemplo el amor al prójimo, hermano en Cristo y no un enemigo contra el cual combatir.
A este propósito, son clarificadoras las palabras del cardenal Christoph Schönborn, o.p., arzobispo de Viena: «Considerar el martirio como una participación en el combate escatológico contra las fuerzas del poder no era simplemente una fantasía delirante de la Iglesia de los orígenes. Una figura tan límpida como la del mártir Franz Jägerstätter, campesino de Austria, nos permite comprender cuán actual es esta concepción. Su testimonio franco, que lo llevó a rechazar el servicio militar en el ejército del Reich de Hitler, desvela las fuerzas que aquí luchan entre sí».
Franz fue procesado por insumisión por un tribunal militar reunido en Berlín, que el 6 de julio de 1943 lo condenó a muerte. Permaneció detenido desde marzo hasta mayo de 1943 en la prisión militar de Linz; desde allí fue trasladado a una cárcel en Brandeburgo, en espera de la ejecución de la sentencia. Quienes compartieron con él aquellos meses testimoniaron que soportó las pruebas con infinita paciencia, en particular el profundo dolor de la despedida de su esposa y de sus hijas. A su esposa envió una serie de cartas, en las que destaca continuamente su entrañable e inquebrantable amor a la familia, a la Iglesia y a Dios, así como su petición de perdón por todos los sufrimientos que podía haber ocasionado con su decisión de oponerse a la guerra.
El 9 de agosto de 1943, poco antes de ser guillotinado, el p. Jochmann le administró los últimos sacramentos y le preguntó si necesitaba algo. El siervo de Dios le respondió con gran entereza: «Tengo todo, tengo las sagradas Escrituras, no necesito nada».