El santuario de santa Rosa de Lima se fundó en la que fue casa de sus padres. En este santuario se encuentra la imagen del niño Jesús que ella llamaba el doctorcito, que está en la enfermería, y también el Cristo de los favores, que le dio de beber de la llaga de su costado. También, en un relicario de plata, se guarda el anillo de sus desposorios, dos tibias de su cuerpo, la mitad de la corona de espinas y dos crucecitas de madera.
Una, la llevaba sobre el escapulario, y la otra, con 33 púas, sobre el pecho para mortificarse. También se guarda un mechón ensangrentado de su cabello rubio. Debajo de la mesa del altar hay dos ataúdes que guardaron algún tiempo su cuerpo. También existe allí el pozo, llamado de los deseos, porque los devotos, especialmente el día de su fiesta, echan cartas, expresando sus deseos y pidiendo por sus necesidades.
Algo importante es la ermita que Rosa usó para estar a solas con Dios. En ella tenía un altarcito con una cruz, unas flores y una silla para sentarse. Actualmente, la ermita está protegida por una gran urna de vidrio y mármol. Tiene una puertecita y ventanillos minúsculos y ostenta en la parte posterior derecha una lápida que atestigua ser la ermita de la santa. Está situada en lo que fue el extremo del huerto, que en su tiempo colindaba con el hospital del Espíritu Santo.
También se conserva en el santuario la imagen del rostro de santa Rosa pintado por el pintor romano Angelino Medoro ante la vista de su cadáver, y que se supone es el rostro más auténtico de la santa.
El día 30 de agosto de cada año, fiesta de santa Rosa en el Perú, son miles y miles los devotos que vienen de distintos lugares del Perú y del mundo a pedir favores a Dios por intercesión de santa Rosa, patrona del Perú, de América Latina y de Filipinas.
