En agosto de 1936, un mes después del comienzo de la Guerra Civil, Melquíades Álvarez fue recluido, al igual que otros dirigentes políticos conservadores, en la Cárcel Modelo de Madrid y posteriormente, durante la llamada Matanza de la Cárcel Modelo de Madrid, sería asesinado por milicianos anarquistas que habían ocupado la prisión. Junto a Álvarez fueron también fusiladas otras personalidades como los exministros de la República José Martínez de Velasco y Manuel Rico Avello.
Se ha dicho que Azaña, por entonces presidente de la República, habría llorado por la impresión que le causó el asesinato del que había sido su primer mentor político; en sus Diarios ha quedado muestra. Indalecio Prieto predijo la caída del gobierno republicano: «con esta brutalidad, hemos perdido la guerra.»
Fuente de la información: http://alvarez-buyllaprocuradores.com/docs/el-asesinato-de-melquiades-alvarez.pdf