Nació en Lipnica Murowana (Polonia), entre los años 1435-1440. Sus padres, Gregorio y Ana, le dieron una buena educación, inspirada en los valores de la fe cristiana y, a pesar de su modesta condición, se preocuparon de asegurarle una adecuada formación cultural. Tenía un carácter piadoso y responsable, una natural predisposición a la oración y un tierno amor a la Madre de Dios

El 8 de septiembre de 1453 el santo italiano también había fundado, en Cracovia, el primer convento de la Observancia, bajo el título de San Bernardino de Siena, canonizado poco tiempo antes. Por tal motivo, los frailes menores de aquel convento fueron llamados por el pueblo «bernardinos».

En 1454 se trasladó a Cracovia para asistir a la famosa Academia Jaguellónica. En ese tiempo san Juan de Capistrano entusiasmaba a la ciudad con la santidad de su vida y el fervor de su predicación, atrayendo a la vocación franciscana un numeroso grupo de jóvenes generosos.
En 1457, también el joven Simón, atraído por el ideal franciscano, decidió adquirir la preciosa perla del Evangelio, interrumpiendo un rico acontecer de éxito. Junto con otros diez compañeros de estudios, pidió ingresar en el convento de Stradom.

Bajo la sabia guía del maestro de novicios, p. Cristóbal de Varese, religioso eminente por su doctrina y santidad de vida, Simón llevó la vida humilde y pobre de los frailes menores. Recibió la ordenación sacerdotal hacia el año 1460. Ejerció su primer ministerio en el convento de Tarnów, donde fue Guardián de la fraternidad. Se estableció después en Stradom (Cracovia), dedicándose incansablemente a la predicación evangélica, con palabra llena de ardor, de fe y de sabiduría, que dejaba entrever su profunda unión con Dios y el prolongado estudio de la sagrada Escritura.
Como san Bernardino de Siena y san Juan de Capistrano, fray Simón difundió la devoción al Nombre de Jesús, obteniendo la conversión de innumerables pecadores. En 1463, primero entre los Frailes Menores, ocupó el oficio de predicador en la catedral de Wawel.

Deseoso de rendir homenaje a san Bernardino de Siena, inspirador de su predicación, el 17 de mayo de 1472, junto con los otros frailes polacos, se dirigió a Aquitania para participar en la solemne traslación del santo al nuevo templo erigido en su honor. Volvió a Italia en 1478 con ocasión del capítulo general en Pavía. En esa ocasión pudo cumplir su gran deseo de visitar las tumbas de los Apóstoles, en Roma, y proseguir después su peregrinación a Tierra Santa. Vivió dicha experiencia con espíritu de penitencia, de verdadero amante de la Pasión de Cristo, con la oculta aspiración de derramar su sangre por la salvación de las almas, si así agradara a Dios. Imitando a san Francisco en su amor por los santos lugares y por si fuera capturado de los infieles, antes de emprender el viaje quiso aprender de memoria la Regla de la Orden «para tenerla siempre delante de los ojos de la mente».

El amor de Simón por los hermanos se manifestó de manera extraordinaria en el último año de su vida, cuando una epidemia de peste asoló Cracovia entre 1482 y 1483. En la desolación general, los franciscanos del convento de san Bernardino se prodigaron incansablemente en el cuidado de los enfermos, como verdaderos ángeles del consuelo.

Fray Simón lo afrontó como un «tiempo propicio» para ejercitar la caridad y para llevar a cabo la ofrenda de su vida. Por todas partes pasó confortando, prestando ayuda, administrando los sacramentos y anunciando la consoladora palabra de Dios a los moribundos. Pronto fue contagiado. Soportó con extraordinaria paciencia los sufrimientos de la enfermedad y, próximo a la muerte, expresó el deseo de ser sepultado en el umbral de la iglesia, para que todos pudieran pisotearlo. El 18 de julio de 1482, sexto día de enfermedad, sin temor a la muerte y con los ojos fijos en la cruz, entregó su alma a Dios.

Ha gozado de un culto «inmemorial». Su causa de canonización, retomada por el Santo Padre Pío XII el 25 de junio de 1948, culmina después del reconocimiento de la curación prodigiosa realizada en Cracovia en 1943, y atribuida a la intercesión del beato Simón, con decreto del Santo Padre Benedicto XVI del 16 de diciembre de 2006.

Fray Simón de Lipnica supo armonizar admirablemente el compromiso de la evangelización y el testimonio de la caridad, que brotaba de su gran amor a la palabra de Dios y a los hermanos más pobres y a los que más sufren.