Sacerdote y mártir nació el 20 de diciembre de 1576 en Skoczów en Silesia (hoy Polonia) hijo de Gregorio Mattia Sarkander (bohemio) y Helena Górecka (polaca), casados en segundo matrimonio. Tras la muerte de su padre (1589) la familia se trasladó a Pribor en Moravia con el sacerdote hijo de Helena, nacido de su primer matrimonio. Jan asistió a la escuela parroquial, el colegio jesuita de Olomouc, la Universidad de Praga y la Facultad de Teología de Graz.
En 1608 se hizo sacerdote en Brno. Posteriormente desarrolló su actividad pastoral en varias parroquias y diócesis de Olomouc.
En 1616 fue nombrado párroco de Holešov, sede del lugarteniente de Moravia, Ladislav Popel de Lobkovic, del que se convirtió en consejero y confesor. Después de la revuelta de los nobles bohemios, en su mayoría protestantes, contra el Imperio austríaco, el programa de chantaje de su parroquia se volvió muy problemático, y después del arresto de Lobkovic, esperando tiempos mejores, Jan fue en peregrinación a Nuestra Señora de Częstochowa (1619) y permaneció en Polonia durante 5 meses.
Este viaje a Polonia le resultó fatal. Después de su regreso fue acusado de espiar en nombre del rey polaco, que mientras tanto había intervenido con sus tropas en apoyo del emperador de Austria, saqueando Moravia, pero perdonando a su propio Holešov, cuyos fieles fueron al encuentro de las tropas polacas. en procesión eucarística, dirigida por Jan Sarkander.
El nuevo Juez Supremo de Moravia, un protestante, hizo capturar a Sarkander por cargos de traición. Fue sometido a cuatro interrogatorios acompañados de torturas crueles y prolongadas (13-18 de febrero de 1620). Después de un mes de sufrimiento murió en prisión el 17 de marzo de 1620, a la edad de 46 años.
Fue beatificado por Pío IX el 6 de mayo de 1860. El proceso de beatificación mostró que fue torturado por odio a la fe. el motivo político sirvió de pretexto.
